Bautista jest wychowankiem zespołu Tecos UAG. W seniorach tej drużyny zadebiutował 7 marca 1998 roku. Pierwszą bramkę w meksykańskiej Primera División strzelił 17 września 2000 roku, w przegranym 1:3 meczu z Necaxą. Latem 2002 roku Bautista trafił do zespołu Monarcas Morelia. Wraz z nim występował w rozgrywkach Apertura 2002 oraz Clausura 2003. W obu przypadkach Morelia została wicemistrzem kraju, ulegając najpierw drużynie Toluce, a potem Monterrey. W lipcu 2003 roku zawodnik przeniósł się do zespołu CF Pachuca. Tutaj w sezonie zasadniczym strzelił jedną bramkę (przeciwko Jaguares) w piętnastu meczach. Jego drużyna zwyciężyła w rozgrywkach Apertura 2003, zaś Bautista strzelił jedyną bramkę w rewanżowym meczu finałowym z Tigres UANL.
W styczniu 2004 roku Bautista został zawodnikiem Chivas de Guadalajara. W drużynie tej przebywał do czerwca 2007 roku. W tym okresie zdołał z nią wywalczyć mistrzostwo Apertura 2006 oraz wicemistrzostwo Clausura 2004. W meksykańskiej Primera División rozegrał ponad 100 spotkań w barwach Chivas. Następnym jego klubem był Jaguares de Chiapas. Trafił tu dokładnie 4 sierpnia 2007 roku za 5 milionów dolarów. W zespole Jaguares Bautista założył dość nietypowy jak na napastnika numer 1.
W grudniu 2009 roku Bautista powrócił do zespołu Chivas de Guadalajara. Doszedł z tą ekipą do finału Copa Libertadores 2010. Ostatecznie nie spełnił jednak pokładanych w nim nadziei i latem 2011 został oddany na wypożyczenie do Querétaro. Także tam nie zawsze pojawiał się na ligowych boiskach w wyjściowym składzie i po fazie Apertura sezonu 2011/2012 rozwiązano z nim umowę.
