Nekunam jest wychowankiem klubu PAS Teheran. W barwach tego klubu zadebiutował w 1998 roku w irańskiej ekstraklasie. Już od pierwszego sezonu był zawodnikiem wyjściowej jedenastki. Największe sukcesy osiągnął w latach 2003-2004, gdy najpierw został wicemistrzem kraju, a następnie wywalczył mistrzostwo Iranu. Przez 7 sezonów gry w Pas prezentował wysoką skuteczność jak na defensywnego pomocnika i zdobył łącznie 42 gole w lidze dla tego klubu.
Nowym klubem Nekunama w letnim oknie transferowym 2006 została hiszpańskaCA Osasuna, z którą podpisał 2-letni kontrakt. Stał się tym samym pierwszym piłkarzem z Iranu w hiszpańskiej lidze. W Primera División zadebiutował 9 września w przegranym 0:3 wyjazdowym meczu z FC Barcelona. W Osasunie szybko wywalczył miejsce w podstawowej jedenastce i stał się jej czołowym graczem. Pierwszego gola w lidze zdobył w grudniu, a Osasuna pokonała na wyjeździe Villarreal CF 4:1. Z Osasuną zajął 14. miejsce i wystąpił w rozgrywkach Pucharu UEFA (półfinał), w których zdobył decydującego gola w 119 minucie meczu z Girondins Bordeaux.
W 2012 odszedł z Osasuny do Esteghlalu Teheran. Na początku 2014 grał w kuwejckim Al Kuwait Kaifan. Latem 2014 roku wrócił do Osasuny. W sezonie 2015/2016 najpierw grał w klubie Saipa Karadż, a następnie Al-Arabi SC, w którym zakończył karierę.
W reprezentacji Iranu zadebiutował 13 stycznia 2000 roku w przegranym 1:2 meczu z Ekwadorem. Szybko stał się podstawowym zawodnikiem kadry i występował w eliminacjach do MŚ 2002, MŚ 2006 i MŚ 2010. Na ten drugi turniej został powołany przez selekcjonera Branko Ivankovicia i zagrał na nim we dwóch meczach grupowych: przegranych 1:3 z Meksykiem i 0:2 z Portugalią, w obu dostając po żółtej kartce. W 2009 roku rozegrał swój setny mecz w barwach reprezentacji.
