Zawodową karierę rozpoczął w 1993 roku w Apollonu Smyrnis, dla którego w 80 ligowych pojedynkach strzelił 38 bramek. Latem 1996 roku przeniósł się do AEK-u, z którym w 1997, 2000 i 2002 roku zdobył Puchar Grecji. W sezonie 1998/1999 Nikolaidis w ligowych rozgrywkach zdobył 22 gole i zapewniło mu to koronę króla strzelców. Ostatni rok swojej kariery Grek spędził w Atlético Madryt, gdzie stworzył duet napastników z Fernandem Torresem.
