Karierę piłkarską Domingos rozpoczął w amatorskim klubie Atlético de Leça. W wieku 13 lat podjął treningi w szkółce piłkarskiej FC Porto. W drużynach juniorskich wykazywał się wysoką skutecznością, toteż w 1987 roku trener Tomislav Ivić awansował go do kadry pierwszego zespołu i wtedy też młody José zadebiutował w rozgrywkach portugalskiej pierwszej ligi. Już w swoim pierwszym sezonie w karierze wywalczył z Porto mistrzostwo Portugalii, a jego dorobek wyniósł 8 meczów i jeden gol. Zdobył także Puchar Portugalii. W kolejnym sezonie był już podstawowym zawodnikiem drużyny i wygrał rywalizację o miejsce w składzie z Fernando Gomesem. W 1989 roku jako rezerwowy został wicemistrzem kraju, ale już w sezonie 1990/1991 ponownie występował w podstawowej jedenastce „Smoków” i stworzył linię ataku z BułgaremEmilem Kostadinowem. W całym sezonie strzelił 24 gole i został wicekrólem strzelców ligi po Rui Águasie, który zaliczył jedno trafienie więcej. Za rok 1990 Domingos został uhonorowany nagrodą Piłkarza Roku w Portugalii i „Złotą Piłką” w tym kraju. W 1991 roku zdobył swój kolejny krajowy puchar, a w latach 1992 i 1993 dwukrotnie z rzędu zostawał mistrzem kraju. W 1994 roku dotarł z Porto do półfinału Ligi Mistrzów i zdobył też portugalski puchar. Lata 1995-1997 przyniosły następne sukcesy – trzy kolejne tytuły mistrzowskie. W sezonie 1995/1996 Domingos strzelił 25 goli i został królem strzelców ligi.
Latem 1999 Domingos wrócił do Porto i w ataku występował z Jardelem. W 2000 i 2001 roku zdobywał krajowy puchar oraz dwukrotnie z rzędu zostawał wicemistrzem kraju. W sezonie 2000/2001 rozegrał zaledwie 10 spotkań i późną wiosną zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.
Po zakończeniu kariery Domingos szkolił młodzież w FC Porto, a w 2005 roku został szkoleniowcem rezerw zespołu z Estádio das Antas. Po ukończeniu trzech kursów trenerskich odszedł do União Leiria i w 2006 roku został szkoleniowcem tego klubu. Otworzył też szkółkę piłkarską w Matosinhos, którą prowadzi wraz z Rui Barrosem. W 2007 roku został trenerem Académiki Coimbra zastępując na tym stanowisku Manuela Machado. W Académice Coimbra był trenerem do końca maja 2009 roku. W czerwcu 2009 został szkoleniowcem czołowego klubu portugalskiego SC Braga. 18 maja 2011 roku został zwolniony z funkcji trenrea Bragi. 1 lipca 2011 obejmie funkcje trenera Sportingu. Z klubu z Lizbony został zwolniony 13 lutego 2012 po przegranym wyjazdowym spotkaniu z CS Marítimo. 30 grudnia 2012 został zaprezentowany jako nowy szkoleniowiec Deportivo La Coruña.
