Klub został założony 8 sierpnia 1907 jako Fußball-Club Allemannia Augsburg, a od 1921 do 1969 roku występował jako BC Augsburg. W 1969 roku połączył się z klubem Schwaben Augsburg (który zrezygnował z udziału w rozgrywkach profesjonalnych) tworząc FC Augsburg. Od 1969 roku po fuzji klub kontynuuje tradycje BC Augsburg. Po raz pierwszy w drugiej lidze zagrał w 1983 roku, jednak zajął wówczas siedemnaste miejsce w tabeli i został zdegradowany. Wcześniej występował co prawda w 2. Bundesliga Süd, jednak były to rozgrywki przeznaczone tylko dla południowej części kraju. W 2006 roku FC Augsburg wygrało rozgrywki Regionalligi i po raz drugi w historii awansowało do drugiej ligi. W sezonie 2006/2007 zespół zajął w tabeli siódme miejsce. Do MSV Duisburg, które zajęło trzecie miejsce i awansowało do najwyższej klasy rozgrywek w kraju drużyna z Augsburga straciła osiem punktów. W sezonie 2009/2010 drużyna z Augsburga zakończyła rozgrywki drugiej ligi na trzecim miejscu i w barażach o awans do pierwszej ligi zmierzyła się z 1. FC Nürnberg. FC Augsburg e.V. dwukrotnie uległ rywalom (0-1 i 0-2) i w elicie pozostał zespół z Norymbergi. W 2011 roku zajmując drugie miejsce w 2. Bundeslidze po raz pierwszy w historii awansowali do najwyższej klasy rozgrywkowej.
wicemistrz 2. Bundesliga (2. poziom): 2011 (awans do Bundesligi)
5 miejsce Bundesliga: 2015
mistrz Regionalliga Süd (2. poziom): 1974 (przegrywa baraże o awans do Bundesligi)
mistrz Regionalliga Süd (3. poziom): 2006 (awans do 2. Bundesligi)
mistrz Amateur-Oberliga Bayern (3. poziom): 1973 (awans do Regionalligi Süd), 1980 i 1982 (awanse do 2. Bundesligi), oraz 1994 (przeniesiony do nowej Regionalligi Süd)
mistrz Oberliga Bayern (4. poziom): 2002 (awans do Regionalligi Süd)
zdobywca Pucharu Szwabii: 1969, 1970, 1971, 1972, 1980, 1986, 1988, 1993, 1996, 1999, 2002, 2004 i 2005
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
Klaus Hofmann
Athletic Bilbao
AZ Alkmaar
Partizan
Liverpool
