Munyaneza urodził się w Kigali, ale karierę piłkarską rozpoczął w Belgii w klubie RWD Molenbeek z Brukseli. W 2001 roku został włączony do kadry pierwszego zespołu, jednak nie zadebiutował w pierwszej lidze belgijskiej, a RWD Molenbeek został zdegradowany do drugiej ligi z powodu kłopotów finansowych.
W 2002 roku Munyaneza został piłkarzem innego drugoligowca, FCV Dender EH. Latem 2003 roku został wypożyczony z Dender do Eendrachtu Aalst, w którym grał przez rok. Od lata 2004 do lata 2006 ponownie grał w Dender, a następnie znów trafił na wypożyczenie, tym razem do pierwszoligowego Sint-Truidense VV. W nim zadebiutował 30 lipca 2006 w przegranym 2:4 domowym meczu z Anderlechtem, w którym strzelił gola. W sezonie 2007/2008 znów grał w FCV Dender EH, który wiosną 2007 awansował do pierwszej ligi.
W letnim oknie transferowym 2008 Rwandyjczyk odszedł na wypożyczenie do Germinalu Beerschot. 17 sierpnia 2008 zadebiutował w nim w zremisowanym 1:1 meczu z KRC Genk. W Germinalu nie przebił się do pierwszej jedenastki i przegrał rywalizację o miejsce w składzie z Tosinem Dosunmu, Kevinem Vandenberghiem i Sanharibem Malkim. W 2009 roku wrócił do Dender, które spadło do drugiej ligi. W 2010 roku ponownie został piłkarzem Germinalu. W 2011 roku przeszedł do White Star Woluwé.
