7 maja1586 zmarł jego ojciec, Jerzy II. Jan Jerzy ze starszym bratem Joachimem Fryderykiem objęli rządy w księstwie brzeskim. Tymczasowo rezydowali w Oławie, ponieważ Brzeg jako oprawa wdowia przypadł ich matce, Barbarze.
Jan Jerzy był żonaty od 1582 z Anną, córką księcia WirtembergiiKrzysztofa. Miał z nią dwójkę dzieci, które nie przeżyły ojca: Jerzego Krzysztofa (1583-1584) i Barbarę (1586-1586). Po śmierci Jana Jerzego Anna otrzymała Oławę jako oprawę wdowią, którą rządziła do 1594, kiedy wyszła ponownie za mąż za księcia legnickiego Fryderyka IV.