Karierę piłkarską Botero rozpoczął w klubie Mariscal Braun. W 1997 roku zadebiutował w jego barwach w boliwijskiej Primera División. W swoim debiutanckim sezonie zdobył 18 goli, a w 1998 roku został zawodnikiem klubu z największego miasta kraju La Paz o nazwie Deportivo Municipal. Także i w tym zespole zaliczył 18 trafień, a w 1999 roku przeszedł do Bolívaru La Paz. W Bolívarze stał się czołowym strzelcem. W 2002 roku osiągnął z tym klubem swoje pierwsze sukcesy w karierze. Został mistrzem Boliwii, a zdobywając 49 bramek w lidze stał się królem strzelców tamtejszej Primera División.
W 2008 roku Botero wrócił do Bolívaru, dla którego zdobył 11 goli. Na początku 2009 roku został zawodnikiem Correcaminos UAT, grającego w Primera División A, czyli meksykańskiej drugiej lidze. W 2010 roku był wypożyczony do kuwejckiegoAl-Arabi, a w 2011 roku przeszedł do San José
W reprezentacji Boliwii Botero zadebiutował w 1999 roku. W 2004 roku wziął udział w Copa América 2004. Na tym turnieju zdobył jedną bramkę, w zremisowanym 2:2 meczu z Peru, jednak Boliwia nie wyszła ze swojej grupy. Z kadrą narodową występował w eliminacjach do MŚ 2002, MŚ 2006, a obecnie walczy z nią o awans do MŚ 2010. W tych ostatnich, 1 kwietnia2009, zdobył 3 gole w wygranym 6:1 domowym spotkaniu z Argentyną.
