Wieś Kłaj umiejscowiona jest w południowo-zachodniej części Kotliny Sandomierskiej. Większość terenu Kłaja (północną) zajmuje Puszcza Niepołomicka.
Na północ od centrum przebiega linia kolejowa 91Kraków Główny – Medyka. Stacja kolejowa składa się budynku z kasą i poczekalnią oraz niedokończonego nowego dworca. Przez centrum Kłaja biegnie droga lokalna z Niepołomic do Bochni.
We wsi znajdują się m.in.: Zakład Przetwórstwa Tworzyw Sztucznych, Zakład Przemysłu Drzewnego „Furnel International Ltd” sp. z o.o., Szkółka Drzewek Leśnych o powierzchni 5,5 ha przy leśnictwie Kłaj oraz Jednostka Wojskowa nr 2515 (skład materiałowy).
Początki wsi datuje się na XIII wiek, jej część należała do klasztoru bożogrobców w Miechowie. Po rozbiorze w 1772 roku pozostała w zaborze austriackim.
W czasie pierwszej wojny światowej duża cześć Kłaja spłonęła.
W latach 70. i 80. XX w. zbudowane zostało – przy dużym wsparciu mieszkańców – nowoczesne centrum wiejskie, w którym stoją budynki Urzędu Gminy (obecnie remontowane Centrum Administracyjne Gminy), Gminny Dom Kultury, Wiejski Ośrodek Zdrowia (obecnie NZOZ) oraz liczne pawilony handlowe (poczta, bank, sklepy), a także lokale usługowe (fryzjer, kwiaciarnie, biuro podatkowe itp).
Wieś jest zgazyfikowana, posiada też wodociągi i kanalizację (w części sfinansowaną przez Unię Europejską). Centrum Kłaja (budynki Urzędu Gminy i Gminnego Ośrodka Pomocy Społecznej, oraz wiele dróg) zostało wybudowanych za wójta Płachcińskiego 1980.
W roku 2007 za wójta Majerza zostały wykonane prace remontowe w ścisłym centrum Kłaja (u zbiegu ulic Płachcińskiego i Kołodziejczyka). Wyremontowane zostały budynki Urzędu Gminy i Wiejskiego Domu Kultury, które zyskały nową elewację oraz rewitalizowany został obszar otaczający centrum administracyjno-usługowe (wymiana zieleni, chodników, budowa placu zabaw dla dzieci, alejkami i ławkami).
We wrześniu 2007 roku przy miejscowym Zespole Szkół Ogólnokształcących odbyła się uroczysta inauguracja przy obecności kard. Stanisława Dziwisza roku szkolnego w Małopolsce. Wówczas szkole nadano imię ks. Jana Twardowskiego, oraz oddano do użytku nowoczesną halę widowiskowo-sportową (najnowocześniejszą w powiecie wielickim).
Od 1947 roku działa piłkarski klub TS „Wolni Kłaj”, którego drużyna seniorska bierze udział w rozgrywkach: Sezon 2013/2014 – V Liga Małopolskiego Związku Piłki Nożnej.