Po uzyskaniu przez Kazachstan niepodległości w 1992 debiutował w Wysszej Lidze. W 1993 zajął 21 miejsce i spadł do Birinszi liga. Od 1996 ponownie występował w Wysszej Lidze. W 1996 nazywał się Kajsar-Munaj Kyzyłorda, a od lipca 1997 Kajsar-Hurricane Kyzyłorda. W 2001 klub wrócił do nazwy Kajsar Kyzyłorda. W 2005 jeden sezon występował w Birinszi liga. W 2010 również gra w niej.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe