Klub został założony jako Levadia Maardu 22 października 1998, kiedy to drużyna piłkarska FK Olümp Maardu rozpoczęła współpracę z firmą metalurgiczną OÜ Levadia[2]. W sezonie 1998 Levadia wygrała rozgrywki Esiliigi i awansowała do Meistriliigi[3]. W pierwszym roku gry w najwyższej klasie rozgrywkowej w kraju zdobyła mistrzostwo. Od tego czasu jeszcze ośmiokrotnie zwyciężała w rozgrywkach Meistriliigi (w 2000, 2004, 2006, 2007, 2008, 2009, 2013 i 2014 roku). Dziewięć razy zdobywała Puchar Estonii[a], zaś siedmiokrotnie Superpuchar. 29 grudnia 2003 klub przeniósł się do stolicy i zmienił nazwę na Levadia Tallinn. W sezonie 2009/2010 Levadia Tallinn sensacyjnie pokonała Wisłę Kraków w II rundzie eliminacji do Ligi Mistrzów[4]. 4 listopada 2017 Levadia połączyła się z drużyną FCI Tallinn i zmieniła nazwę na FCI Levadia[5]. W grudniu zaprezentowano nowy herb klubu[6].
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
Estonia
Wiktor Lewada
