Ślady osadnictwa w okolicach Miercurei-Ciuc pochodzą z epoki kamienia łupanego, ale w regionie nigdy nie rozwinął się ważny ośrodek polityczny czy centrum wymiany handlowej. Nazwa Miercurea, jako wspólne określenie kilku scalonych w jeden organizm miejski wiosek, pojawiła się po raz pierwszy w dokumencie Izabeli Jagiellonki z 1558. W pierwszej połowie XVII wieku wybudowano w mieście zamek i nadano miastu status stolicy komitatu Ciuc (węg. Csík), obejmującego oprócz Miercurei także kilka sąsiednich miast. W 1661 roku Turcy i Tatarzy splądrowali miasto. W 1668 roku franciszkaninJános Kájoni założył pierwszą w historii Miercurei-Ciuc szkołę, a kilka lat później również drukarnię. Był to impuls do rozwoju kulturalnego w regionie.