Klub został założony w 1903 roku jako NK Nafta Lendava i nazwę tą używa do dziś. Za czasów istnienia Socjalistycznej Federacyjnej Republiki Jugosławii, występował w niższych ligach. W 1992 roku po uzyskaniu niepodległości przez Słowenię klub zaczął grać w tamtejszej pierwszej lidze. W 1993 roku spadł jednak do drugiej ligi, a w 2003 roku został zdegradowany do trzeciej. Po roku powrócił do drugiej ligi, a w 2005 roku wywalczył awans do słoweńskiej ekstraklasy. W 2006, 2008 i 2009 roku zajął z niej 7. miejsce, najwyższe w swojej historii. Największe osiągnięcia Nafty w Pucharze Słowenii to dwukrotny awans do półfinału w 1992 i 2005 roku. W 2012 roku został rozwiązany.
W 2012 roku założono NK Nafta 1903 Lendava, który jednak nie jest uważany za spadkobiercę poprzednika. Nowy klub w sezonie 2019/20 dotarł do finału Pucharu Słowenii.