Siły najeźdźców szacowano na 40–60 tysięcy żołnierzy. Twierdzy broniło około 4700 ludzi w tym: 2100 piechoty, 200 rajtarów, 1400 szlachty i 1000 mieszczan pod dowództwem kasztelana elbląskiego Ludwika Wejhera i margrabiego Władysława Myszkowskiego. W mieście schroniło się wielu uciekinierów z okolicznych wsi i miasteczek, a nawet z Rusi, Podola i Wołynia. Podczas oblężenia uwidoczniła się wada konstrukcyjna twierdzy. Kozacy przekopali groblę szczebrzeską i spuścili wodę ze stawu, odsłaniając południową część fortyfikacji. Zmusiło to obrońców do skoncentrowania na tym odcinku dużych sił. Bohdan Chmielnicki nie dysponował artylerią oblężniczą pozwalającą na zdobycie Zamościa szturmem, poza tym zbliżała się zima, do której oblegający nie byli przygotowani. Natomiast obrońcy wśród których szerzyła się epidemia nie mogli liczyć na odsiecz, nie posiadali także dostatecznej ilości żywności niezbędnej do wykarmienia załogi i ludności, która szukała schronienia za murami twierdzy. Dlatego już po 17 dniach zawarto korzystny dla obu stron układ o wypłaceniu przez zamościan okupu w wysokości 20 tysięcy złotych polskich[2].
↑26 października Kozacy zwinęli oblężenie Lwowa. W dniach 5go i 6go listopada rozlał się nieprzejrzany kilkukrociowy, według podań przesadnych w bajeczną mnogość ośmiu kroci urosły potop zbrojnego i niewolnego ludu dokoła murów Zamościa (Karol Szajnocha: Dwa lata dziejów naszych, w: Dzieła tom 10, Warszawa 1878, s. 139).
