Shenhua został założony 10 grudnia1993 roku[1]. Początkowo był sponsorowany przez lokalną spółkę o nazwie Shenhua (Shenhua w języku chińskim znaczy "Kwiat Szanghaju"). Pod koniec 2001 roku Shenhua wycofała się ze sponsorowania zespołu, a na ich miejsce dołączyły SVA i SMEG (Shanghai Media & Entertainment Group). Zmieniono wówczas nazwę na Shanghai Shenhua SVA SMEG Football Club (SFC), jednak potocznie na klub nadal mówi się "Shenhua".
Shenhua jest najbardziej utytułowanym zespołem z Szanghaju spośród Shanghai Zobon i Inter Shanghai. Dwukrotnie zdobywał mistrzostwo Chin, a sześciokrotnie zostawał wicemistrzem kraju. Największa grupa kibiców zwana jest "Blue Devil" czyli "Niebieski Diabeł".
W 2007 roku Zhu Jun właściciel klubu Shanghai United F.C. wykupił większość udziałów Shenhua i doszło do fuzji obu klubów. Klub przeniósł się też na nowy stadion Yuanshen Sports Centre w Pudong, który w poprzednim sezonie był obiektem Shanghai United. W nowym składzie Shenhua widnieje 17 reprezentantów Chin zarówno kadry A jak i U-23.