W 2005 roku Ruffier podpisał zawodowy kontrakt z AS Monaco, ale nie zadebiutował tam, gdyż został wypożyczony do klubu z rodzinnej Bajonny, Aviron. Po sezonie na wypożyczeniu wrócił do AS Monaco, gdzie zadebiutował w 2007 roku.
Stéphane Ruffier występował w kadrze Francji U- 21 w latach 2007–2008. Rozegrał w niej 8 meczów. W 2010 roku Laurent Blanc powołał go do dorosłej reprezentacji na mecz z Norwegią, w którym zadebiutował.