Wojciech Łobodziński jest wychowankiem Zawiszy Bydgoszcz, do którego trafił w 1992 roku[1]. W pierwszej drużynie Zawiszy Bydgoszcz zadebiutował 3 kwietnia 1999 roku w spotkaniu z Promieniem Kowalewo Pomorskie. 3 czerwca 1999 roku zdobył 4 bramki w spotkaniu z Rodłem Kwidzyn[2]. Następnie grał w Stomilu Olsztyn oraz Wiśle Płock. W polskiej ekstraklasie Łobodziński zadebiutował 3 października 1999 roku w spotkaniu Stomilu Olsztyn z Amiką Wronki. Przed sezonem 2003/2004 przeniósł się do Zagłębia Lubin. Zdobył z nim w sezonie 2006/2007 mistrzostwo Polski.
Od 9 lutego 2008 roku Łobodziński jest zawodnikiem Wisły Kraków, z którą podpisał pięcioletni kontrakt. Z oficjalnych informacji wynika, że Wisła Kraków zapłaciła za niego około 400 tysięcy euro[3]. W zespole "Białej Gwiazdy" Łobodziński zadebiutował 22 lutego 2008 roku w spotkaniu z Koroną Kielce. Swoją pierwszą bramkę w Ekstraklasie w barwach Wisły Kraków zdobył 28 marca 2008 roku w meczu z Polonią Bytom[4]. 20 kwietnia 2008 roku w meczu derbowym z Cracovią zaliczył dwie asysty przy bramkach Pawła Brożka[5]. Sezon 2007/2008 Wojciech Łobodziński zakończył zdobyciem mistrzostwa Polski z Wisłą Kraków[4]. W następnym sezonie po raz kolejny sięgnął z Wisłą po mistrzostwo Ekstraklasy. 15 kwietnia 2011 roku został zawieszony przez klub w prawach zawodnika, w związku z podejrzeniem o udział w czynach korupcyjnych w czasach gry w Zagłębiu Lubin. 12 lipca Łobodziński rozwiązał swój kontrakt z Wisłą za porozumieniem stron[6]. W styczniu 2012 roku został skazany na półtora roku więzienia w zawieszeniu[7].
W rundzie wiosennej sezonu 2011/2012 Łobodziński grał ŁKS-ie Łódź, a następnie przeszedł do Miedzi Legnica podpisując z tym klubem roczny kontrakt. We wrześniu 2012 roku w związku z aferą korupcyjną Komisja Dyscyplinarna PZPN ukarała zawodnika półroczną dyskwalifikacją[7].
W pierwszej reprezentacji Polski Łobodziński zadebiutował 6 grudnia 2006 roku w rozgrywanym w Abu Zabi spotkaniu przeciwko Zjednoczonym Emiratom Arabskim, wygranym przez reprezentację Polski 5:2[12]. Na boisku pojawił się po przerwie, a w końcówce meczu asystował przy bramce strzelonej przez Radosława Matusiaka[13]. W swoim drugim występie w reprezentacji, w którym Polska zmierzyła się z Estonią grał przez pełne 90 minut. W tym meczu Łobodziński świetnie współpracował z Pawłem Golańskim po prawej stronie boiska, często stwarzając zagrożenie pod estońską bramką[14]. Swojego pierwszego gola w barwach reprezentacji Polski strzelił 24 marca 2007 roku, w meczu eliminacji Mistrzostw Europy 2008 z Azerbejdżanem[15]. W kolejnym meczu eliminacji, również z Azerbejdżanem Łobodziński pojawił się na boisku w drugiej połowie meczu, zmieniając Jakuba Błaszczykowskiego. Jego wejście na boisko znacznie poprawiło grę reprezentacji w ofensywie. Łobodziński wywalczył rzut wolny, po którym padła pierwsza bramka dla Polaków. Później po jego dośrodkowaniu drugą bramkę dla Polski strzelił Jacek Krzynówek[16]. Wojciech Łobodziński zagrał w sumie w siedmiu meczach eliminacyjnych, przyczyniając się do awansu reprezentacji Polski na Mistrzostwa Europy[17]. W lutym 2008 roku, w towarzyskim spotkaniu z reprezentacją Czech zdobył bramkę, pokonując Petra Čecha w sytuacji sam na sam. Oficjalny serwis PZPN uznał go za najlepszego zawodnika tego meczu, podkreślając że Łobodziński nie tylko strzelił gola, ale również imponował spokojem, rozwagą i nieszablonowym dryblingiem[18]. 27 maja podczas towarzyskiego meczu z reprezentacją Albanii Łobodziński doznał urazu i musiał przedwcześnie opuścić boisko. Z początku lekarze reprezentacji podejrzewali, że mogło dojść do złamania nogi, jednak badania wykazały że zawodnik doznał skręcenia stawu skokowego lewej nogi ze stłuczeniem[19]. 28 maja Wojciech Łobodziński został powołany przez selekcjonera reprezentacji Leo Beenhakkera do 23-osobowej kadry na Euro 2008 w Austrii i Szwajcarii. Na Euro 2008 wystąpił we wszystkich trzech spotkaniach, jakie rozegrała reprezentacja Polski na tym turnieju[20].